Інститут створений за рішенням Президії НАН України (постанова № 294 від 13.11.1991 р.) на базі Відділення проблем природокористування та регіональної економіки Інституту технічної механіки НАН України. Відтоді і дотепер інститут очолює чл.-кор. НАН України Шапар А.Г.
Музей інституту проблем природокористування та екології