Рішення про організацію друкарні наукових журналів при Президії НАН України з метою створення необхідних умов для тиражування академічних періодичних видань було прийняте Президією НАН України 21 квітня 1995 р. (Постанова № 115).
Народження Друкарні припало на складні часи перехідного періоду. Через недостатнє фінансування в Академії практично повністю було припинено видання книг, журналів і збірників наукових праць. Науково-видавнича рада НАН України провела величезну роботу і розробила концепцію збереження і підтримки наукової літератури, передовсім, періодики – ідея створення друкарні наукових журналів виявилась вельми вчасною і перспективною. Національна академія наук України змогла вибороти грант Міжнародного наукового фонду (Фонду Сороса) – на ці кошти було куплено перше поліграфічне обладнання. Але його було недостатньо, щоби розпочати виробництво журналів. Деяку істотно спрацьовану техніку пощастило придбати за безцінь, реставрувати і запустити. Вона працює ще й зараз. Понад рік тривав важкий процес обладнання друкарні і налагодження процесу видавничого виробництва.
Наступним кроком стало прийняття рішення про створення у складі Спеціалізованої друкарні наукових журналів при Президії НАН України редакційно-видавничого підрозділу. Згідно з Постановою Бюро Президії НАН України від 11 березня 1996 р. № 82-Б, до складу цього підрозділу з метою об’єднання редакційного, видавничого та поліграфічного процесів видання журналів “Вісник НАН України” та “Доповіді НАН України” ввійшли редакції цих журналів.
Нарешті сталась довгоочікувана подія – випуск першого наукового журналу. А далі розпочинається стрімке розширення і зростання, що було можливе завдяки, передовсім, наполегливості та відданості працівників друкарні.
Через чотири роки Друкарня вже здійснює редакційну підготовку і випуск 14 періодичних видань НАН України, має сучасну поліграфічну і комп’ютерну техніку, виходить за рамки звичайної типографії і готова до значного розширення видавничої діяльності.
Зважаючи на ці обставини, 13 жовтня 2000 р. Президія НАН України приймає постанову № 271 “Про реорганізацію Спеціалізованої друкарні наукових журналів при Президії НАН України”. Так друкарня стає Видавничим домом “Академперіодика” НАН України, головними завданнями якого є видання, друк та розповсюдження наукових журналів НАН України та їх електронних версій і надання редакціям академічних періодичних видань поліграфічних послуг та консультативної допомоги з усіх питань діяльності.
Здобутки Видавничого дому за цей невеликий проміжок часу досить вагомі. У видавництві плідно працюють підрозділи періодичних та книжкових видань. Щорічно збільшується обсяг поліграфічної продукції: у 2006 році Видавничий дім випустив 30 найменувань книг, і протягом року здійснював редагування, верстку, чи просто тиражування 33 періодичних видань НАН України – понад 200 номерів. Серед них, окрім “Вісника НАН України” та “Доповідей НАН України”, загальноакадемічний журнал “Наука та інновації”, науково-популярний часопис “Світогляд”, наукові журнали “Прикладная механика”, “Кинематика и физика небесных тел”, “Электронное моделирование”, “Нейрофизиология”, “Цитология и генетика”, “Археологія” та інші.
Сьогодні перед Видавничим домом “Академперіодика” НАН України поставлене фундаментальне завдання – стати потужною поліграфічною базою Національної академії наук України для повного задоволення її вимог щодо видання наукової літератури.