Свою історію Інститут веде з 1964 року, коли у м. Львові було створено Львівське відділення Інституту економіки АН України. Із здобуттям незалежності Президія Національної академії наук України своєю постановою за № 233 від 19 жовтня 1994 р. утворила на базі Львівського відділення Інституту економіки АН України Інститут регіональних досліджень Національної академії наук України, на який були покладені завдання комплексного дослідження проблем управління соціально-економічним розвитком регіонів України. 29 жовтня 2014р. Президія НАН України прийняла рішення про присвоєння Інституту регіональних досліджень НАН України імені академіка М.І. Долішнього.
ДУ «Інститут регіональних досліджень імені М.І.Долішнього НАН України» є провідною науковою установою в системі НАН України з проблем регіональної політики та транскордонного співробітництва. Інститут виконує функції методологічного, науково-організаційного і координаційного центру.