Інститут магнетизму Національної академії наук України створено 07 червня 1995 року згідно з Постановою Президії Національної академії наук України від 07.06.1995 р. № 172. Спільним наказом Національної академії наук України та Міністерства освіти і науки України від 16 серпня 1995 р. № 181/249 Інститут переведений в подвійне підпорядкування: Національній академії наук України та Міністерству освіти і науки України.
Інститут є державною бюджетною неприбутковою науковою установою Національної академії наук України та Міністерства освіти і науки України, яка створена з метою розв’язання актуальних фундаментальних і прикладних наукових проблем у галузі магнетизму, екології, педагогіки, а також підготовки фахівців, зокрема, кадрів вищої кваліфікації. Користується правами науково-дослідного інституту і вищого навчального закладу.
Інститут перебуває у підпорядкуванні HAH України та МОН та входить до складу Відділення фізики і астрономії HAH України.
У своїй діяльності Інститут керується законодавством України; Статутом HAH України; наказами МОН; Основними принципами організації та діяльності наукової установи Національної академії наук України; іншими нормативними актами HAH України та МОН, цим Статутом.