Міжвідомче відділення електрохімічної енергетики НАН України бере свій початок з 1993 року, коли Постановою Президії АН України від 22.12.1993 р. № 365 було виділене в окремий підрозділ Інституту загальної та неорганічної хімії ім. В.І.Вернадського АН України як Відділення електрохімічної енергетики, яке очолив член-кореспондент НАН України, доктор хімічних наук, професор Присяжний Віталій Дем’янович, обіймаючи також посаду заступника директора Інституту.
1996 року, за участі Міністерства оборони та Мінпромполітики України, спільним наказом від 19.06.1996 р. № 108/384/384 цей підрозділ перетворено на окрему установу - Міжвідомче відділення електрохімічної енергетики НАН України, якою до кінця свого життя (23 квітня 2013 року) керував В.Д.Присяжний.
МВЕЕ є співзасновником Асоціації виробників хімічних джерел струму "ХДС України"; брало участь у розробленні Закону України "Про хімічні джерела струму" та Загальнодержавної програми розвитку хімічних джерел струму
З 2013 року Міжвідомче відділення електрохімічної енергетики НАН України очолює доктор хімічних наук, старший науковий співробітник Кириллов Святослав Олександрович.