Народився 28.12.1866 у с. Чоботарка (тепер с. Заболотне Вінниц. обл.). Закінчив Новоросійський (1891) та Київ. (1894) університети. В 1898 —28 — завідувач кафедри Петерб. жіночого мед. інституту, 1928 —29 — директор Інституту мікробіології і епідеміології ВУАН. Академік АН СРСР з 1929. Помер 15.12.1929. Президією НАН України засновано премію імені Д.К.Заболотного. Його ім’я присвоєно Інституту мікробіології та вірусології НАН України.
Наукові праці присвячено вивченню чуми, холери, сифілісу. Докладно дослідив збудника і переносників чуми, форми хвороби, працював над виготовленням протичумних вакцин і сироваток. Один із засновників вітчизняної епідеміології. Створив наук. школу