Народився 3.05.1906 у Казані (Татарстан). Закінчив Казан. університет (1931). В 1944—50 працював в Інституті геологічних наук АН УРСР, 1950—60 — Інституті геології корисних копалин АН УРСР, з 1961 — директор Інституту геофізики АН УРСР, також 1966—76 — академік-секретар Відділення АН УРСР. Помер 16.01.1976. Президією НАН України засновано премію імені С.І. Субботіна, його ім’я присвоєно Інституту геофізики НАН України.
Наукові праці в галузі теоретичної і прикладної геофізики. Розробив схеми глибинної тектоніки України та утворення основних геоструктур земної кори. Створив наукову школу