Інститут фізіології рослин і генетики (ІФРГ) НАН України був заснований 15 травня 1946 р. на базі відділу фізіології живлення рослин і агрохімії Інституту ботаніки АН УРСР відповідно до постанови № 1692 від 20 жовтня 1945 р. Ради народних комісарів УРСР і ЦК КП(б)У, яка надала дозвіл Президії АН УРСР організувати Інститут фізіології рослин і агрохімії АН УРСР (перша назва установи).
Першим директором Інституту став відомий вчений, агрохімік і фізіолог рослин, заслужений діяч науки УРСР, академік АН УРСР О.І. Душечкін. У 1953 р. директором Інституту було обрано видатного фізіолога рослин, агрохіміка і ґрунтознавця, заслуженого діяча науки УРСР, академіка АН УРСР і ВАСГНІЛ П.А. Власюка, який керував ним до 1973 р. Директором Інституту у 1973—1974 рр. був відомий фізіолог рослин чл.-кор. АН УРСР А.В. Манорик, а в 1974—1985 рр. — видатний фізіолог рослин і радіобіолог, академік НАН України Д.М. Гродзинський. У травні 1962 р. Інститут отримав назву Інститут фізіології рослин АН УРСР.
У 1986 р. Інститут фізіології рослин АН УРСР після об’єднання з генетичними відділами Інституту молекулярної біології і генетики АН УРСР було реорганізовано генетиком і селекціонером Героєм України академіком НАН України В.В. Моргуном в Інститут фізіології рослин і генетики НАН України.
Інститут фізіології рослин і генетики НАН України — провідна науково-дослідна установа, в якій виконується широкий спектр важливих фундаментальних і прикладних досліджень.